Nana met en scène l'histoire de deux femmes qui se rencontrent un soir d'hiver dans un train en direction de Tokyo. Malgré leur apparence, elles ont le même âge, la même direction et surtout le même prénom : Nana. L'une est brune et est un véritable garçon manqué, l'autre est blonde et pleine d'énergie. Elles ont leur lot de problèmes dans leurs passés et chacune a ses raisons d'aller à la capitale.
Par un concours de circonstance, les deux Nana se retrouvent à vouloir acheter le même appartement.L'une comme l'autre n'ayant pas beaucoup d'argent, elles décident de vivre en colocation afin d'alléger chacune leur budget. C'est ainsi que débute l'amitié de Nana. Chacune va écouter l'autre, rencontrer des amis, on voit avec plaisir s'installer la forte amitié, presque fusionnelle des deux Nana.
Durant ces 51 épisodes et durant le manga, on s'intéresse à ces deux personnalités. Au fil des épisodes, on s'attache réellement à leurs univers.